Roku 1799 nařídil Krajský úřad v Horažďovice stavbu „nových“ obecných škol ve městě, včetně bytů pro učitele. Po roce 1800 fungovala ve městě tzv. Stadtmusterschule, tj. vzorová škola, která měla 3 třídy, vyučovalo se v německém jazyce.
Roku 1843 město vykoupilo od měšťana Hynka Klaudia dva rozestavěné domy v dnešní Ševčíkově ulici a zřídilo v nich dvě budovy obecné školy pro 3 třídy chlapecké, 2 třídy dívčí a 3 učitelské byty. Konečná dostavba těchto budov skončila až v roce 1845.
Tam, kde se dnes nachází pamětní deska Otakara Ševčíka, stojí jedna z budov původní obecné školy.
Druhý objekt byl součástí zadního traktu komplexu budov ve dvoře – tam existovaly byty pro učitele. Zde také bydlel učitel Josef Ševčík, ředitel kůru v kostele sv. Petra a Pavla, otec houslového virtuosa Otakara Ševčíka.
V září roku 1895 se v Horažďovicích začalo vyučovat v tehdy nově postavené budově chlapecké měšťanské školy.
O výstavbu tohoto objektu, která probíhala v letech 1894 – 1895, se významně zasadil purkmistr Stanislav Mayer, prvním ředitelem školy se stal František Kučera.
Postupně se škola rozšiřovala:
Od 1. 9. 1923 byla k původně chlapecké měšťanské škole přičleněna samostatná dívčí měšťanská škola sídlící v téže budově, vedená ředitelem Janem Měřičkou.
Roku 1928 byla k původní historické budově přistavěna další část, tentokrát obecná škola – na svou dobu moderní školské zařízení, i s tělocvičnou.
V roce 1932 bylo na obecné i měšťanské škole zapsáno celkem 815 žáků.
Ve válečném školním roce 1940/1941 byla budova zabrána německými vojsky jako ubikace, proto výuka musela probíhat nejprve střídavě. Od dubna 1941 musela být škola zcela k dispozici německé branné moci, výuka tudíž probíhala v náhradních prostorách ve městě. Situace se vrátila k normálu od září 1941, ale už v září 1943 musela být budova opět poskytnuta pro vojenské účely.
S blížícím se koncem II. světové války bylo v lednu 1945 využito prostor školy jako nouzových ubytovacích kapacit pro německé uprchlíky z východu. Jejich působením byla budova značně zdevastována.
Při květnovém osvobozování jihozápadních Čech pobývali do začátku června 1945 v budově školy američtí vojáci. Posléze našla ve škole zázemí část Československé samostatné obrněné brigády z Velké Británie.
V roce 1953 došlo ke konečnému sloučení obou škol – původní měšťanské a obecné – pod jedno vedení. Zároveň zde byla nakrátko zřízena osmiletá střední škola, hned následujícího roku byla však zrušena a převedena do Sušice.
Budova si vyžadovala postupnou rekonstrukci a rozšíření o objekty k výuce nově zavedených praktických předmětů.
Vzrůstající počet školních dětí si vynutil výstavbu další horažďovické školy – nynější ZŠ Blatenská, slavnostně otevřena v roce 1964. V důsledku toho byla část budovy „Staré školy“ dána v roce 1965 k dispozici pro účely SOÚ zemědělského Horažďovice; učiliště se pak v roce 1994 přemístilo do prostor kláštera.
Poslední stavbou, která přibyla, po přistavění objektu školní jídelny a družiny, do komplexu budov ZŠ Komenského, je tzv. „Domeček“. Ten vznikl přestavbou původní obytné budovy a kolaudován byl v roce 2004. Slouží pro výuku praktických činností a zároveň je využíván pro dvě další oddělení školní družiny.
V prosinci roku 2015 (10. 12.) si škola připomněla, formou vánočních trhů při dni otevřených dveří a vystoupením žáků i učitelů ZŠ Horažďovice Komenského v kulturním domě, výročí 120 let od zahájení výuky v budově měšťanské chlapecké školy a zároveň 170. výročí fungování obecné školy v Horažďovicích.
V současných letech dochází k postupné rekonstrukci a modernizaci objektů školy, k těm rozsáhlejším patří například: celková výměna oken a zateplení půdních prostor (2010), modernizace kotelny i vytápění (2016), rekonstrukce veškerého sociálního zařízení včetně instalace bezbariérových WC (2017).
Roku 1799 nařídil Krajský úřad v Horažďovice stavbu „nových“ obecných škol ve městě, včetně bytů pro učitele. Po roce 1800 fungovala ve městě tzv. Stadtmusterschule, tj. vzorová škola, která měla 3 třídy, vyučovalo se v německém jazyce.
Roku 1843 město vykoupilo od měšťana Hynka Klaudia dva rozestavěné domy v dnešní Ševčíkově ulici a zřídilo v nich dvě budovy obecné školy pro 3 třídy chlapecké, 2 třídy dívčí a 3 učitelské byty. Konečná dostavba těchto budov skončila až v roce 1845.
Tam, kde se dnes nachází pamětní deska Otakara Ševčíka, stojí jedna z budov původní obecné školy.
Druhý objekt byl součástí zadního traktu komplexu budov ve dvoře – tam existovaly byty pro učitele. Zde také bydlel učitel Josef Ševčík, ředitel kůru v kostele sv. Petra a Pavla, otec houslového virtuosa Otakara Ševčíka.
V září roku 1895 se v Horažďovicích začalo vyučovat v tehdy nově postavené budově chlapecké měšťanské školy.
O výstavbu tohoto objektu, která probíhala v letech 1894 – 1895, se významně zasadil purkmistr Stanislav Mayer, prvním ředitelem školy se stal František Kučera.
Postupně se škola rozšiřovala:
Od 1. 9. 1923 byla k původně chlapecké měšťanské škole přičleněna samostatná dívčí měšťanská škola sídlící v téže budově, vedená ředitelem Janem Měřičkou.
Roku 1928 byla k původní historické budově přistavěna další část, tentokrát obecná škola – na svou dobu moderní školské zařízení, i s tělocvičnou.
V roce 1932 bylo na obecné i měšťanské škole zapsáno celkem 815 žáků.
Ve válečném školním roce 1940/1941 byla budova zabrána německými vojsky jako ubikace, proto výuka musela probíhat nejprve střídavě. Od dubna 1941 musela být škola zcela k dispozici německé branné moci, výuka tudíž probíhala v náhradních prostorách ve městě. Situace se vrátila k normálu od září 1941, ale už v září 1943 musela být budova opět poskytnuta pro vojenské účely.
S blížícím se koncem II. světové války bylo v lednu 1945 využito prostor školy jako nouzových ubytovacích kapacit pro německé uprchlíky z východu. Jejich působením byla budova značně zdevastována.
Při květnovém osvobozování jihozápadních Čech pobývali do začátku června 1945 v budově školy američtí vojáci. Posléze našla ve škole zázemí část Československé samostatné obrněné brigády z Velké Británie.
V roce 1953 došlo ke konečnému sloučení obou škol – původní měšťanské a obecné – pod jedno vedení. Zároveň zde byla nakrátko zřízena osmiletá střední škola, hned následujícího roku byla však zrušena a převedena do Sušice.
Budova si vyžadovala postupnou rekonstrukci a rozšíření o objekty k výuce nově zavedených praktických předmětů.
Vzrůstající počet školních dětí si vynutil výstavbu další horažďovické školy – nynější ZŠ Blatenská, slavnostně otevřena v roce 1964. V důsledku toho byla část budovy „Staré školy“ dána v roce 1965 k dispozici pro účely SOÚ zemědělského Horažďovice; učiliště se pak v roce 1994 přemístilo do prostor kláštera.
Poslední stavbou, která přibyla, po přistavění objektu školní jídelny a družiny, do komplexu budov ZŠ Komenského, je tzv. „Domeček“. Ten vznikl přestavbou původní obytné budovy a kolaudován byl v roce 2004. Slouží pro výuku praktických činností a zároveň je využíván pro dvě další oddělení školní družiny.
V prosinci roku 2015 (10. 12.) si škola připomněla, formou vánočních trhů při dni otevřených dveří a vystoupením žáků i učitelů ZŠ Horažďovice Komenského v kulturním domě, výročí 120 let od zahájení výuky v budově měšťanské chlapecké školy a zároveň 170. výročí fungování obecné školy v Horažďovicích.
V současných letech dochází k postupné rekonstrukci a modernizaci objektů školy, k těm rozsáhlejším patří například: celková výměna oken a zateplení půdních prostor (2010), modernizace kotelny i vytápění (2016), rekonstrukce veškerého sociálního zařízení včetně instalace bezbariérových WC (2017).